Zaradi tehnološkega napredka in naraščajoče okoljske ozaveščenosti ima vlada vse strožje zahteve glede odvajanja in čiščenja odpadne vode, določa višje standarde odvajanja ter izboljšuje procese in tehnologije čiščenja. Povečujeta se tudi tehnološka dovršenost in količina strojne opreme. Ta povečana količina opreme je povečala izzive upravljanja, zaradi česar je pravilno vzdrževanje in vzdrževanje te opreme ključni vidik upravljanja čistilne naprave za odpadne vode. Vendar pa ni zanikati, da veliko čistilnih naprav nima koncepta rednega upravljanja in vzdrževanja opreme. Sodobni proizvodni postopki zahtevajo nenehno sprejemanje inteligentne in visoko-tehnološke mehanske opreme v postopkih čiščenja odpadne vode. Zato se delovanje čistilne naprave trenutno sooča s protislovjem: oprema zahteva upravljanje in vzdrževanje, vendar razpoložljivost usposobljenega osebja in konceptov upravljanja zaostaja, kar ustvarja ozko grlo za razvoj naprave.
Ker vzdrževanje opreme zahteva postopke, vključno z rednim čiščenjem, mazanjem, spremljanjem in pregledovanjem opreme itd., je zamenjava in popravilo delov bistveni del vsakodnevnega dela. Osebje, ki vzdržuje čistilno napravo, mora temu rutinskemu delu pripisati velik pomen, da zagotovi stabilno delovanje opreme. V resnici pa vzdrževalna dela opreme niso deležna dovolj pozornosti. Pomanjkanje strokovnosti med osebjem za vzdrževanje opreme pogosto vodi do neustreznih sistemov in načrtov vzdrževanja. Poleg tega odsotnost učinkovitih mehanizmov pri vsakodnevnem delovanju povzroči nizek delovni entuziazem, kar povzroča zamude pri popravilu opreme, ko pride do okvar.
Za učinkovito delovanje čistilnih naprav je treba upoštevati ravnovesje med obratovalnimi stroški in časom vzdrževanja. Ta težava pomembno vpliva na splošno učinkovitost naprave. Pravilno dodeljevanje rezervnih delov je bistveno za delovanje in upravljanje. Vendar pa zaradi stroškov kritičnih komponent, kot so ležaji, tesnila in zobniki, številne čistilne naprave nimajo zadostnega inventarja. Ko se pojavijo okvare, nadomestni deli pogosto niso na voljo, kar vodi v prenagljeno nabavo, ki nenamerno poveča stroške popravila, povzroči nedelovanje opreme in prepreči čiščenje odpadne vode. Zato je ustrezen inventar ključen za normalno delovanje čistilnih naprav. Prevelika zaloga rezervnih delov pa lahko tudi ovira uporabnost. Reševanje tega protislovja predstavlja velik izziv za čistilne naprave.
